荷花山遗址位于龙游县湖镇马报桥村邵家自然村，钱塘江上游的衢江南岸，金衢盆地的中部。遗址坐落在海拔高程56米至65米、相对高程约10米的低丘上。遗址埋藏较浅，因乡镇垦种经济植物及相关建设，造成遗址一定程度的破坏。经国家文物局批准，进行了正式发掘。发掘过程中，还进行了针对性的勘探调查。

根据先期获得的线索，发掘区分为东、西两区，东区在荷花山的东端，一条新开垦的简易道路，破坏出遗址的一个大剖面，发掘依道路布10×10米探方4个，编号T1——T4，并作局部扩方，发掘面积600平方米。西区在东区之西南约150米处，在一个山坳的上部位置。这里因建造小型水库，破坏了一处“石器、块石混合遗迹”，因此布下10×10米探方2个，编号T1、T2，局部扩方；另在北侧更高位置布一小探坑（TG1），总共发掘面积250平方米。

东区处在坡顶向下的位置，地势西高东底，由于种植茶树，文化层暴露，西南部（位置较高一侧）几无文化堆积，直接裸露生土，但发现20多个有一定分布规律的柱洞；向东北延伸，则为逐渐加厚的文化层堆积，最厚处约120厘米。共分6个文化层，清理灰坑20余个。发掘出土的遗物分陶器、石器和块石三类，陶器普遍呈红色（红衣，裸露的胎色也呈红黄色），以粗泥陶为主，夹炭陶（掺杂稻壳）次之，少量夹砂陶。陶器有大口盆、平底盘、圈足器以及类型比较丰富的双耳罐。石器除少量磨制的石锛、石凿等，以砾石石器为主，如磨盘、磨棒、石球、石锤等，也有一定数量的石片石器。遗址中的卵石块数量很大，其中包含了用作工具的自然石块，两者不易区分。总的看来，东区遗存中，除少量的晚期灰坑，文化内涵一致，遗物特征统一，属于同一个时期，即上山文化的中期。遗址的成因，推测是一处“小聚落”：西南角的较密集柱洞，是当时的木结构居住建筑，而其东南方向的文化层堆积和灰坑，则是“小聚落”存续期间的生活遗迹和垃圾堆积。根据碳十四测定数据，东区遗存的年代为距今9000多年。

西区堆积同样厚薄不均，TG1位置深达170厘米，分七层。T1、T2位置堆积较浅，表土层下，分两个文化层。发掘的主要对象为早已暴露的“石器、块石混合遗迹”，初判断为一处“石器制造场”，后被否定。“石器、块石混合遗迹”可分为上下两层，，分布面积约150平方米，遗存中缺少“石器制造场”应该具备的石砧、石器粗坯、碎屑等，相反，所见石器都是成形或使用破裂的石器，如石磨盘、石磨棒、石球、石锤、石锛、石凿等。出土陶器迥异于东区，以夹炭陶为主，多见红衣剥落痕迹，陶色明显偏黑，绳纹多见，器形有釜、罐、盘等，特征近似跨湖桥文化。

荷花山遗址是继上山遗址、小黄山遗址后，在钱塘江地区发掘的第三处早期新石器时代遗址，又一次证明钱塘江流域在早期新石器时代的重要地位，也为研究浙江地区早期新石器时代文化的区域分布、源流关系，特别是上山文化与跨湖桥文化的发展关系提供了珍贵的资料。

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