在安阳汉代大墓墓主身份引起轩然大波的同时，考古界、历史学界及公众对此各持己见，争论不休却没有定论。就在2010年1月，复旦现代人类学教育部重点实验室宣布，向全国征集曹姓男性参与Y染色体检测，拟用DNA技术来辨别河南安阳曹操墓真伪。
曹操墓前墓室
这一举动引起了人们的另一种猜测：现代的科学技术对于考古发现的作用，DNA、科技测年等方法能否辨明曹操墓的真伪呢？在复旦现代人类学教育部重点实验室宣布准备用DNA技术辨别曹操墓真伪之后，有大量的民众自称为曹操后人，并愿意提供DNA样本。但是，由于大墓先后被多次盗发，致使墓室内的尸骨受损严重，在加上曹操后人DNA样本采取困难，这种方法实施起来有很大的难度。进一步讲，即便墓主人的遗骸和曹植的遗骸两者检出相同的Y染色体遗传标记，也仅能证明他们具有共同的父系祖先，而不能简单地确定为父子关系。
而另一种建立在碳-14测年方法上的科技测年虽然是迄今为止考古学、地质学中最为普遍的测年断代方法，但是这种测年方法的误差在几十年左右，无法确定墓葬的准确年代，对于曹操墓的确定帮助有限。
就在关于曹操墓的争论正酣之时，曹操墓正式申请纳入国家级文保单位，这一举动更是引起了公众的关注。更何况，国家文物局等有关单位也表示，种种质疑对于曹操墓入选“考古新发现”没有影响，曹操墓正在等待评选。
在漫长的评审过程中，对曹操墓的质疑依然在继续。虽然河南省文物管理局副局长孙英民表示，曹操墓本身不存在商业开发的可能，主要用于保护和研究。但是依然有观点认为，曹操墓急于国家认定，，开办博物馆是想借此进行商业开发，获取商业利益。
不管争论如何，在经过层层申报和评审之后，位于河南省安阳县安丰乡的曹操高陵，在2011年底通过国家文物局国家级重点文物保护单位的初评。同时，河南省文物局已经将曹操高陵列入保护规划，计划拨付文物保护专项资金，用于曹操高陵考古发掘与出土文物的修复和保护。不管民间的质疑如何，此次认定等于给了曹操墓一个官方、明确的身份。
这次官方认可的证据在于：墓葬的年代为东汉晚期；墓葬规模与其身份相符；墓葬地面情况符合《终制》，符合文献资料记载高陵的位置；附近出土文物的旁证及出土铭牌等。而近日出土的三块千年墓志无疑又为曹操墓的认定增添了重量级的砝码。